Mahasiswa Baru Perlu Pahami Bioinformatika

Irfan Martiansyah dan Izzati Muhimmah

Irfan Martiansyah dan Izzati Muhimmah

JOGJA – Bioinformatika termasuk ilmu yang baru saja berkembang akibat adanya ‘ledakan’ data biologis yang sangat besar karena perkembangan NGS yang pesat. Secara sederhana bioinformatika didefinisikan sebagai penerapan ilmu komputer dan teknik informatika dalam bidang biologi.

“Ilmu tersebut merangkum berbagai disiplin ilmu lain seperti ilmu komputer dan teknik informatika, matematika dan statistika, biologi molekuler, fisik dan ilmu kedokteran yang saling menunjang dan bermanfaat satu sama lain,” ungkap Peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia di Bogor, Irfan Martiansyah MSi, pada kuliah perdana mahasiswa S2 Program Studi Teknik Informatika, Program Magister FTI UII, di kampus setempat, Sabtu (15/9).

Kuliah perdana, menurut Ketua Prodi Teknik Informatika Program Magister FTI UII Izzati Muhimmah ST MSc PhD, untuk menyambut dan memberi wawasan kepada 31 mahasiswa baru di bidang bioinformatika untuk pemuliaan keragaman hayati unggulan. “Mahasiswa baru Program Magister Teknik Informatika FTI terbagi menjadi empat kelompok konsentrasi. Meliputi Informatika Medis, Sistem Informasi Enterprise, Forensika Digital, dan Sains Data,” paparnya.

Dewasa ini, lanjut Irfan, bioinformatika diketahui secara umum sebagai sebuah aplikasi atau algoritma yang digunakan untuk menginterpretasikan data-data biologis yang kompleks menjadi informasi biologis yang mudah dipahami. Tujuan bioinformatika untuk menciptakan manajemen data secara lebih baik dalam proses pegungkapan kekayaan informasi biologis yang tersembunyi dalam data melimpah. Pun, untuk memperoleh informasi pengetahuan secara lebih jelas mengenai biologi fundamental suatu organisme.

Bioinformatika untuk saat ini terbatas pada analisis urutan, struktural, dan fungsional gen dan genom dan produk yang sesuai, serta seringkali disebut biologi komputasi. “Padahal, biologi komputasi mencakup semua area biologis yang melibatkan komputasi. Contoh, pemodelan matematika dari ekosistem, dinamika populasi, penerapan teori dalam studi perilaku,” tutur Irfan kemudian.

Data biologis yang diperoleh dari bidang studi genomics, transcriptomic, proteomics dan sebagainya membutuhkan ‘jembatan’ untuk menjadi sebuah informasi bermakna. Salah satu contoh aplikasi bioinformatika dalam bidang pemuliaan, dengan mengembangkan marka DNA untuk seleksi individu suatu organisme hasil pemuliaan menggunakan analisis komparatif genomik atau comparative genom analysis.

Sebagai contoh, analisis in silico komparatif A. thaliana dan H. brasiliensis telah berhasil mengidentifikasi beberapa famili gen penting seperti protease inhibitor yang disinyalir sebagai protein pertahanan dan famili gen COBRA yang berperan dalam regulasi pemulihan kulit batang karet setelah disadap.

Analisis komparatif genom membutuhkan tiga unsur utama untuk dapat berjalan baik. Pertama, sekuen DNA genom yang dapat diperoleh dan diunduh dari tiga basis data utama dunia, NCBI (National Center for Biotechnology Information – www.ncbi.nlm.nih.gov), European Nucleotide Archive (www.ebi.ac.uk/ena), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan – www.ddbj.nig.ac.jp).

Kedua, software-software atau platform bioinformatika seperti Geneoius, BLAST, Southgreen Galaxy, Multiple alignment, MEGA 7.0 dan sebagainya. Ketiga, hasil yang diperoleh dari pengolahan data tersebut berupa pohon filogenetik, data sekuen alignmnet, motif dan domain famili gen. “Apabila ketiga unsur utama tersebut telah diperoleh, maka artikel ilmiah dengan penerapan bioinformatika dapat dipublikasikan di jurnal nasional terakreditasi maupun prosiding internasional,” papar Irfan lebih jauh. (rul)

CopyRight @ Jurnal Jogja 2016 | Tentang Kami | Kontak Kami | Iklan