Mahasiswa S2 UII Kembangkan Aplikasi Manipulasi DNA

 PCR UII
Dinda (kiri) dan Izzati saat menjelaskan aplikasi manipulasi DNA, di kampus UII, Jumat (21/4).
JOGJA – Rekayasa genetika maupun manipulasi DNA menjadi satu langkah dalam pemuliaan makhluk hidup, bisa tumbuhan, hewan, atau bahkan manusia. Memerlukan proses yang rumit, tentu. Tapi seorang mahasiswa S2 Teknik Informatika UII berhasil mengembangkan perangkat lunak, aplikasi berbasis komputer, guna mempermudah rekayasa tersebut.
“Aplikasi ini akan sangat membantu para ahli biologi untuk menciptakan benih tanaman maupun varietas hewan yang unggul. Dibandingkan yang sudah ada sebelumnya, aplikasi ini bisa dioperasikan secara jauh lebih mudah dan lebih akurat,” ujar dosen Magister Teknik Informatika, Program Pascasarjana Fakultas Teknologi Industri UII (Universitas Islam Indonesia) Jogjakarta, Izzati Muhimmah ST MSc PhD, di kampus setempat, Jumat (21/4).
Setelah berkutat hampir setahun, tutur Izzati, akhirnya seorang mahasiswa di bawah bimbingannya mampu mengembangkan aplikasi desain primer PCR (polymerase chain reaction) pada bioinformatika. “PCR merupakan metode enzimatis untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro,” jelasnya.
Selain mendeteksi variasi genetik, kajian forensik, dan paternity, pada manusia PCR sangat berguna untuk mendeteksi patogen berbagai penyakit, seperti HIV, hepatitis, TBC, hingga flu burung, serta analisis genetika lainnya. “Melalui PCR pula bisa ditentukan jenis obat yang cocok bagi penderita satu penyakit tertentu,” imbuh Izzati.
Pengembang aplikasi desain primer PCR, Dinda Eling Kartikaning Sasmito SKom MKom mengemukakan, penelitian yang ia lakukan adalah mencari desain primer yang optimum pada suatu sekuen DNA cetakan. “Dalam praktik, ada ribuan sekuan DNA yang harus dianalisis guna memperoleh desain primer yang optimum, sehingga bila dilakukan secara manual akan memakan waktu lama,” katanya.
Menggunakan aplikasi yang ia kembangkan, pencarian desain primer PCR bisa dilakukan secara jauh lebih cepat. “Akurasinya juga lebih tinggi, sehingga kemungkinan meleset guna memperoleh desain primer yang optimum bisa dihindari,” jelas Dina kemudian.
Desain primer pada PCR pun sangat penting untuk memperoleh hasil suatu rekayasa genetik maupun manipulasi DNA yang optimal. “Secara awam, untuk memperoleh suatu benih tomat atau varietas kambing yang unggul, misalnya, memerlukan desain primer yang optimum,” tandas Dinda.
Membandingkan dengan aplikasi PCR sebelumnya, Dinda mampu melakukan pembaruan dengan memasukkan parameter repeats and runs, serta mismatch dalam komputasinya, maupun metode penyilangan aritmatika yang digunakan pada proses genetika dalam algoritma pencarian.
Aplikasi yang ia bangun pun telah menggunakan Bahasa Indonesia sehingga akan jauh lebih mempermudah penggunanya. “Fitur pencarian desain primer optimum dari suatu sekuen DNA, serta analisis desain primer untuk mengetahui nilai parameter-parameter primer dari pasangan primer yang telah dimiliki, terbukti jauh mempercepat pengoperasian serta menunjukkan hasil yang lebih akurat,” tutur Dinda lebih jauh. (rul)

 

CopyRight @ Jurnal Jogja 2016 | Tentang Kami | Kontak Kami | Iklan